Đại Việt sử ký toàn thư, phần Bản kỷ thực lục, quyển 4 ghi rằng năm 1505 sau khi vua Lê Túc Tông mất mà không có con nối dõi, bà Kính phi là mẹ nuôi hoàng tử Lê Tuấn (em của Túc Tông) tính mưu kế dựng Lê Tuấn lên làm vua, tức vua Lê Uy Mục.

Vua Lê Uy Mục thích uống rượu, hay giết người, hiếu sắc, làm oai... Chính sự rối ren, đất nước nhiễu loạn và chỉ năm năm lên ngôi, ông ta bị giết chết.

Nguyễn Chí làm Trung thư giám chính tụ thời vua Lê Hiến Tông và dưới thời Lê Uy Mục làm thiếu doãn phủ Phụng Thiên (kinh đô Thăng Long), sau đổi làm tri phủ Phú Bình.

Nguyễn Chí tính khảng khái, không chịu khuất lụy kẻ quyền thế nên bị Nguyễn Trọng - có quan hệ họ ngoại với Lê Uy Mục - tìm cớ bắt, rồi đánh bất tỉnh. Nghĩ ông đã chết, Nguyễn Trọng sai quân mang xác vứt ra ngoài thành.

Con cháu của Nguyễn Chí biết tin, ra đồng nhặt xác lấy chiếu bó, đem về định chôn thì ông bỗng tỉnh lại. Tuy nhiên sợ bị lộ, ông phải trốn trong nhà con em, chịu cảnh khổ cực ngày ở dưới hang, đêm ngủ cành cây.

Vợ con ông còn dùng kế "kim thiền thoát xác", lấy hài cốt của người khác đem chôn, giả làm đám ma, để tang như thường lệ.

Những năm đó, triều đình dưới sự cai trị của vua Lê Uy Mục đã hết sức ngả nghiêng. Những người họ ngoại của vua chuyên quyền cậy thế, kìm hãm quan lại, có khi vì ý riêng mà giết hại dân lành hoặc yêu sách tiền của... Nhân dân đều oán thán mà vua không thay đổi.

Năm 1509, viên tướng Nguyễn Văn Lang bị vua đuổi về nhà đã cùng đại thần tôn thất là Nghi quận công Lê Năng Cẩn và Giản Tu công Lê Oanh nổi dậy khởi nghĩa.

Khi quân khởi nghĩa của Giản Tu công từ Tây Kinh (Thanh Hóa) đánh ra để chống lại vua Lê Uy Mục, Nguyễn Chi sau ba năm ẩn mình đã xin gia nhập dưới trướng, được cho làm "bí thư xá nhân", được ban cho tên là Hoàn Sinh (người đã chết mà còn sống lại).

Cuối tháng 8/1509, quân của Giản Tu công tiến vào Thăng Long, bắt được vua Uy Mục rồi giết. Tháng Chạp, Giản Tu công lên ngôi hoàng đế, đặt niên hiệu Hồng Thuận năm thứ 1, tức là vua Lê Tương Dực.

Nguyễn Chí sống đến hết thời vua Lê Tương Dực, Lê Chiêu Tông, cho đến khi Mạc Đăng Dung cướp ngôi của nhà Lê (1527). Ông còn được vua Mạc phong làm tri phủ ở phủ Nghĩa Hưng và ở Cao Bằng.